a maioria dos módulos do kernel que você irá construir espera /usr/src/linux
para apontar para as fontes do kernel que você quer construir o módulo, então a primeira coisa a fazer aqui é criar esse link:
ln -s /usr/src/linux-3.3.38-gentoo /usr/src/linux
Em seguida, tente configurar seu kernel da maneira que você fez.
cd /usr/src/linux
make menuconfig
Nota: o Gentoo teria criado este link para você se você tivesse mudado o sinalizador USE symlink
para sys-kernel/gentoo-sources
. Você pode dizer ao Gentoo qual sinalizador USE deve ser ativado por pacote, adicionando uma entrada no arquivo /etc/portage/package.use
.