Agora é extremamente fácil instalar o StackApplet no Debian graças a um módulo de fallback para o AppIndicators que eu escrevi, que vem com o StackApplet. Você pode instalá-lo fazendo o download do pacote de origem da versão mais recente em sua página Launchpad.
De lá, basta extrair o conteúdo do arquivo e executar:
sudo python setup.py install
... que cuidará da instalação.