Em um diretório vazio:
% stat .
File: '.'
Size: 6 Blocks: 0 IO Block: 4096 directory
Device: fe04h/65028d Inode: 537317737 Links: 2
Access: (0750/drwxr-x---) Uid: ( 1000/stribika) Gid: ( 100/ users)
Access: 2011-02-22 08:47:20.935036074 +0100
Modify: 2011-02-22 08:47:20.935036074 +0100
Change: 2011-02-22 08:47:20.935036074 +0100
Birth: -
% mkdir foo
% stat .
File: '.'
Size: 16 Blocks: 0 IO Block: 4096 directory
Device: fe04h/65028d Inode: 537317737 Links: 3
Access: (0750/drwxr-x---) Uid: ( 1000/stribika) Gid: ( 100/ users)
Access: 2011-02-22 08:47:20.935036074 +0100
Modify: 2011-02-22 08:47:57.465036072 +0100
Change: 2011-02-22 08:47:57.465036072 +0100
Birth: -
% stat foo
File: 'foo'
Size: 6 Blocks: 0 IO Block: 4096 directory
Device: fe04h/65028d Inode: 509269 Links: 2
Access: (0750/drwxr-x---) Uid: ( 1000/stribika) Gid: ( 100/ users)
Access: 2011-02-22 08:47:57.465036072 +0100
Modify: 2011-02-22 08:47:57.465036072 +0100
Change: 2011-02-22 08:47:57.465036072 +0100
Birth: -
Como você pode ver, existem 2 links para um diretório vazio. Quando eu criar um novo dentro dele, a contagem de links aumenta para 3. Além disso, há dois links para o novo diretório. O total é de três novos links.
Isso ocorre porque cada diretório possui um link para ele mesmo (.) e seu pai (..).