Não há muitas horas no dia, então porque não apenas
17 3,9,15,21 * * * sudo /bin/script
para ser executado às 03:17 e a cada 6 horas daqui?
As alternativas envolveriam adicionar um sono ao próprio programa:
0 */6 * * * (sleep 11820; sudo /bin/script)
ou executando o script com mais freqüência (digamos, de hora em hora), e tendo o script apenas sair se o trabalho real foi executado dentro do último < 6 horas.