Se a ordem não importa (ou seja, apenas exclua todos os emails com um md5 no arquivo de exclusão) e você não está casado com o awk, use join
:
join -v 1 -j 1 <(sort emails) <(sort excludes)
-v 1
diz para imprimir linhas no primeiro arquivo (e-mails) que não têm uma linha correspondente no segundo arquivo (exclui).
-j 1
diz para ver apenas a primeira coluna de cada.
Se você quiser usar o awk, acredito que isso funcione:
awk 'NF==1{exclude[$1]++} NF==2&&!exclude[$1]' excludes emails
Ou se os dois arquivos corresponderem linha por linha e você só quiser excluir, por exemplo, linha 2 se ambos tiverem o mesmo hash nessa linha em particular, use isto:
awk 'NF==1{hash[FNR]=$1} NF==2&&hash[FNR]!=$1' excludes emails