Para /etc , use etckeeper . Ele armazena /etc sob controle de versão, cuidando da preservação de permissões e propriedade. Antes de uma atualização, verifique se você confirmou as alterações mais recentes e defina uma tag (por exemplo, git tag fedora20-before-upgrade ).
Faça também uma lista de todos os pacotes que você instalou atualmente ( rpm -ql >/var/tmp/fedora20-package-list.txt ). Isso pode ser útil se a atualização acabar removendo algum pacote para fazer com que as dependências funcionem.
Além disso, não há nada que esteja especialmente em risco durante as atualizações. Diretórios base e instalações locais (por exemplo, em /usr/local ) não devem ser tocados, e o restante do sistema deve ser gerenciado pela atualização. É claro que, como em qualquer outro momento, você deve ter backups atualizados caso algo inesperado aconteça.