O conteúdo do here-doc é avaliado ANTES de sudo ser chamado. Isso significa que todas as instâncias de $HOME estão no contexto do chamador, não do sudo . Você pode ver isso em ação aqui:
A=apple
bash <<-EOF
A=banana
echo "$A"
EOF
A saída é
apple
Se você citar seu marcador EOF , seu conteúdo será citado correspondentemente:
A=apple
bash <<-'EOF'
A=banana
echo "$A"
EOF
Saída
banana