Então, enquanto a resposta de Thomas me fez pensar no caminho certo, foi na verdade o comentário sobre a resposta de Thomas, que resolveu meu problema completamente:
Antes de clonar a partição, eu editei /etc/default/grub
e descomentei a linha que dizia GRUB_DISABLE_LINUX_UUID=true
e executei update-grub
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Após clonar sda1 para sda3, Kali é inicializado consistentemente em sda1, e gparted não mostra mais sda3 como sendo montado em /
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