Você pode usar xclip
.
oathtool --totp some-seed | xclip
A saída do seu comando estará na seleção primária do X e você poderá colá-lo com um clique do meio.
Você também pode enviá-lo para a área de transferência para colar com Ctrl + V no Firefox:
some_command | xclip -selection clipboard
Ou use xdotool
conforme explicado nesta pergunta