Se o seu gerenciador de pacotes estiver em um estado de funcionamento, você poderá forçar a reinstalação dos pacotes contendo os binários sobrescritos. Dependendo da sua distro:
-
apt-get --reinstall install *package-name* -
rpm -iv --replacepkgs *package-name* -
yum reinstall *package-name* -
emerge *package-name* -
pacman -S *package-name*
Se isso não funcionar, você diz que tem backups, então eu restauraria apenas /bin e /usr/bin do backup.
Uma maneira útil de evitar fazer isso no futuro é o antigo conselho "não use a conta root quando não precisar". Uma vez instalado o qemu, você pode executá-lo como seu usuário. O benefício é que seu usuário não pode sobrescrever /usr/bin no host, então você não pode atrapalhar seu sistema.