O FS vem do registrador de segmento adicional chamado FS na arquitetura 386 (final do segundo parágrafo).
Meu palpite é que depois do DS para Segmento de Dados e do ES para o Segmento Extra, a Intel apenas escolheu os próximos caracteres do alfabeto (FS, GS). Você pode ver o registro 386 na página wiki , no gráfico à direita.
Da fonte do kernel do Linux no meu sistema Linux Mint ( arch/x86/include/asm/uaccess.h
):
/*
* The fs value determines whether argument validity checking should be
* performed or not. If get_fs() == USER_DS, checking is performed, with
* get_fs() == KERNEL_DS, checking is bypassed.
*
* For historical reasons, these macros are grossly misnamed.
*/
#define MAKE_MM_SEG(s) ((mm_segment_t) { (s) })
#define KERNEL_DS MAKE_MM_SEG(-1UL)
#define USER_DS MAKE_MM_SEG(TASK_SIZE_MAX)
#define get_ds() (KERNEL_DS)
#define get_fs() (current_thread_info()->addr_limit)
#define set_fs(x) (current_thread_info()->addr_limit = (x))