Você pode usar o awk para analisar $ GPGGA diretamente. Veja o exemplo abaixo:
echo $GPGGA,001038.00,3334.2313457,N,11211.0576940,W,2,04,5.4,354.682,M,-26.574,M,7.0,0138*79 | awk -F"," '{print $3,$5}'
produziria:
3334.2313457 11211.0576940
Atualizar
Tente algo assim:
awk -F"," '/GGA/ {print $3,$5}' /dev/ttyUSB0
Este comando deve ler / dev / ttyUSB0 (substituir por um apropriado), encontrar linhas com GGA e analisá-las.