O seguinte comando rsync executado na máquina local lista os arquivos que existem no host remoto, mas não no host local.
rsync -av --dry-run --delete somedir/ user@remote:~/somedir/
A opção --dry-run
lista apenas os arquivos, sem realmente fazer algo, a opção --delete
em combinação com -v
(detalhado) lista os arquivos que seriam excluídos porque eles existem no host remoto, mas não o host local, que é o que você quer.