Para fazer backup de coisas remotamente sem a nuvem, você pode tentar o BitTorrent Sync .
Aqui está uma resposta sobre como configurá-lo no Ubuntu: Como rodar o BitTorrent Sync?
Eu, pessoalmente, tenho algumas caixas diferentes executando o BTSync, certificando-se de ter vários backups físicos disponíveis o tempo todo. É bastante simples de usar e é multi-plataforma.