O Seahorse depende do GnuPG 2 instalado como gpg2 , e não do GnuPG 1.4 instalado como gpg .
O Ubuntu 16.04 vem com o GnuPG 2.1, que moveu as chaves privadas do arquivo de chaveiro privado para o pubring.gpg . Exporte as chaves privadas em gpg e importe-as em gpg2 para copiá-las:
gpg --export-secret-keys | gpg2 --import