Aqui está uma maneira com awk
:
$ awk -F, 'NR==1{nf=NF-1; print $0; FS=" "} \
NR>2{printf("%s%.*s%s\n",$1,nf,",,,,,,,,,,,,,,,,,",$2)}' fileA fileB
Name,Site Name,Product UPEI,Product Name,NMS Flag,Product Model, SW
ABC,,,,,,4.4
ASD,,,,,,4.3
A parte crucial é printf
, onde imprimimos os primeiros e terceiros campos do arquivo B separados por ,
, cujo número é obtido do primeiro arquivo como nf=NF-1
.