Você pode ter configurações de layout totalmente diferentes para cada teclado conectado; o Guia não confiável para a configuração do xkb pode ser útil. No seu caso, você pode conviver com o "fazendo do jeito mais fácil".
Esteja ciente, no entanto, de que o guia foi escrito em um momento em que o servidor X tinha um arquivo de configuração que foi honrado. Desde então, a configuração do teclado foi movida pelo menos para o HAL e retornada novamente, então o céu sabe onde você tem que colocar o seu Options "XkbOptions" "..." extra quando agora é uma lua nova.
Se tudo mais falhar e seu X for suficientemente recente, sim, obtenha o número do dispositivo em xinput list e chame setxkbmap -device ... ... , chame-o no arquivo de inicialização do X e talvez também veja udev para ser notificado quando o teclado está conectado.