A barra / é usada por vim como separador padrão de padrões: ela separa o padrão da substituição que você deseja fazer, portanto, vim interpretou erroneamente as barras em seu caminho. Você pode especificar outro separador, assim:
%s!/home/omipenguin/Servers\ Information/systemscript.sh/sysinfo.txt!/home/sysinfo!g
Observe como você também precisa escapar da barra invertida \ devido ao seu significado especial nas expressões regulares.