Como você já tem o script para selecionar apenas os arquivos desejados, por que não tar ? Ele preserva a estrutura de diretórios, ele pode compactar com sinalizadores de linha de comando simples ( -z ou -j . É um arquivo único, mais fácil de movimentar e é uma ferramenta bem conhecida e onipresente.
tar cfj archive.tar.bz2 "${myfiles[@]}"