Sim, o tema é específico para cada aplicativo específico (gerenciador de janelas ou outro). Aplicativos que usam o mesmo kit de ferramentas da GUI geralmente usam o mesmo mecanismo de configuração para selecionar um tema, assim eles terão a mesma aparência.
Muitos gerenciadores de janela lado a lado são projetados para ter uma pegada visível baixa, portanto não há muito espaço para o tema visual. Talvez seja por isso que você os considera sem graça.