$ zip -r dir1 dir1 -x dir1/dir3/*
funciona para mim. Aqui -x
é a opção de exclusão. Você também pode usar uma opção de inclusão, mas, neste caso, a opção de exclusão envolve menos digitação.
Na verdade, a questão não está completamente clara. Deseja todos os diretórios e arquivos em dir3
excluídos, ou apenas os arquivos em dir3
? O comando acima só funciona para o último.