Não, normalmente não há razão para não instalar como root, isso é bastante comum. Não "executando" como root não é o mesmo que instalar como root. Você não deve executar isso como root, é muito raro na minha experiência que um cliente X precise ser executado como root.
Instalar e executar são coisas diferentes. Muitos itens precisam ser instalados como root para entrar nos diretórios configurados durante a compilação, mas eles serão executados posteriormente como usuários "normais".
A instalação é a parte final do processo de compilação. A compilação de muitos pacotes pode ser feita como um usuário normal, por ex. em algum subdiretório do seu diretório. Mas quando se trata de instalar, os binários executáveis e scripts para /usr/local/bin
ou /usr/bin
e outros arquivos para /usr/lib
etc., você precisa dos direitos especiais que a raiz tem para escrever lá.¹
Isso é o que você costuma ter com
tar xvf somepackage.tar
cd somepackage
./configure
make
sudo make install
Somente o último comando dessa cadeia precisa ser feito "como root" ²
Após a instalação, cada usuário pode usar esses executáveis, mas, entre outras coisas, isso impede que eles alterem a configuração "global".
¹ Existem mais motivos para fazer isso como root, por exemplo quando você precisa definir alguns bits setuid ou setgid
² Geralmente, os últimos comandos são encadeados com & & então a instalação só é tentada quando o make tiver sucesso