Eu resolvi esse problema convertendo meus timers de 'usuário' em timers root / system.
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Eu desabilitei todos os meus arquivos .service e .timer e os movi para fora do meu diretório home em / etc / systemd / system.
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Eu adicionei a seção 'Usuário =' a cada arquivo de serviço, para que meus scripts fossem executados pelo usuário regular e não como raiz.
Agora meus temporizadores não estão sendo acionados na inicialização do sistema e eu também estava tendo problemas com o acionamento esporádico quando eu fiz login via ssh. Isso também foi resolvido agora que eles estão sob o controle da conta raiz, mas executar meus scripts ainda são executados como o PID do usuário comum, o que preserva os atributos de propriedade dos meus arquivos. Problema resolvido.
O OP postou isso como uma edição da pergunta, então eu a reproduzi aqui.