Eu resolvi isso há um bom tempo, minhas desculpas por deixá-lo sem resposta. As seguintes configurações do wpa_supplicant são responsáveis pelo comportamento do Wi-Fi mencionado acima:
bss_expire_count e bss_expire_age
O primeiro é quantas varreduras o SSID deve estar faltando antes de removê-lo da lista. Este último é o tempo em segundos para exibir um SSID depois que ele não está mais transmitindo