Parece que isso é algum tipo de corrupção do cache de pacotes.
Para resolver, eu fiz:
sudo pkg clean
sudo rm -rf /var/cache/pkg/*
sudo pkg update -f
Depois disso, consegui instalar pacotes novamente.
Eu me baseei neste tópico dos fóruns do FreeBSD pkg 1.3.0: incompatibilidade de tamanho não pode continuar com um similar problema.