Eu estava cometendo erros bobos. Como o @Jeff Schaller sugere acima, vários prompts -c permitirão múltiplos comandos. Então, meu exemplo de trabalho é assim.
ex -c 'normal! 2gg19|^V49gg59|y' -cwq geom.inc
Onde eu entro no modo ex (ex), solicito um comando (-c), defina um bloco ('normal! 2gg19 | ^ V49gg59 | y' onde normal! permite o uso de comandos vi regulares, 2gg19 | significa mover para a segunda linha e a 19ª coluna, ^ V entra no bloco visual, 49gg59 | move para a 49ª linha e 59ª coluna e y puxa o bloco), e o prompt outro comando para escrever e sair (-cwq).