Você precisa reiniciar seu criador de logs do sistema:
service rsyslog restart
(como root ).
Uma reinicialização também teria o mesmo efeito, mas é um pouco exagerada.
As mensagens de log vão para um criador de logs do sistema, rsyslog no CentOS, e o registrador grava em vários arquivos dependendo de sua configuração (ou mesmo de outros registradores em sistemas remotos). rsyslog abre /var/log/messages quando é iniciado e mantém aberto; excluir /var/log/messages faz com que ele desapareça do diretório, mas o arquivo ainda existe e pode ser usado por qualquer programa que o tenha aberto. Portanto, rsyslog continua registrando no arquivo excluído ... Reiniciar o arquivo faz com que reabra o arquivo, recriando-o primeiro neste caso.