As principais questões são abordadas em seção sobre "Fontes não oficiais" :
- pacotes de terceiros podem ser removidos, se tiverem dependências que entrem em conflito com a atualização;
- backports não oficiais (que não incluem pacotes de backports do Jessie) podem causar problemas de conflito de arquivos.
No primeiro caso, o gerenciador de pacotes informará sobre o problema durante a atualização, antes de realmente começar, e os conflitos não impedirão a conclusão do upgrade. O segundo caso é mais complicado: só será detectado quando os pacotes conflitantes forem descompactados, durante a atualização, e lidar com isso será mais bagunçado (porque seu sistema terá metade do upgrade), embora não seja intransponível. Consulte a seção sobre conflitos de arquivos para obter detalhes .
É por isso que a documentação recomenda identificar todos esses pacotes antes de iniciar o processo de atualização.
Para responder a sua pergunta específica, no seu caso específico parece que o único pacote suspeito é o JRE. Se vem de backports de Jessie (OpenJDK 8, por acaso?), Você vai ficar bem. Caso contrário, você pode querer removê-lo (e qualquer coisa dependendo dele) antes da atualização e reinstalar tudo o que mais lhe interessa.