A autenticação da chave pública é por usuário . Você precisa de um nome de usuário e sua chave. Na verdade, você pode fazer login em dois usuários diferentes no mesmo servidor usando a mesma chave.
Se você estiver tentando ssh [email protected]
(com ou sem uma chave válida), também receberá "Permissão negada", além do erro no log do servidor.
Portanto, esse comportamento é intencional e, na verdade, não precisa fazer nada com a autenticação de chave pública em si.