Você não pode alterar o pedido (consulte também o link ).
Para alterar o aplicativo padrão em todo o sistema, você deve criar um arquivo /usr/share/applications/mimeapps.list
. Por exemplo, se você quiser que todos os arquivos PDF sejam abertos com o MuPDF, adicione:
[Default Applications]
application/pdf=mupdf.desktop
Não sei se você ainda está procurando uma resposta, mas me fiz a mesma pergunta e achei que minhas descobertas também poderiam ajudar outras pessoas.