Use apenas um loop e um contador:
k=1; for file in *mp3; do
id3v2 --track "$k" "$file"
((k++))
done
Isso itera todos os arquivos e diretórios cujo nome termina em mp3 , salvando cada um como $file . Em seguida, a variável $k é incrementada uma vez por iteração ( ((k++)) ), então $k será o número do arquivo na ordem em que você processa e você pode usar --track "$k" para definir o número da faixa.