Resposta curta: Ext4 é o sistema de arquivos padrão na maioria das distribuições Linux. Funciona, é seguro e como disse @Marco:
If ext4 works for you, just keep using it
Escolhendo um sistema de arquivos
Depende de quais são seus objetivos.
- Para uma compatibilidade total entre sistemas, você pode escolher o FAT32 (não me culpe - acho que é uma escolha terrível).
- O NTFS funciona bem em principalmente todos os sistemas, pelo menos em leitura.
- O ReiserFS / Reiser4 (principalmente sistemas Linux) é conhecido por ser muito rápido.
- Você pode ler este artigo da Wikipédia para ver cada um dos limites e recursos do FS.
Aqui estão as principais características que você pode pensar:
- Suporte ao diário (evite perder dados)
- Versionamento (alternar entre a versão dos arquivos, como um suporte SVN ou GIT integrado)
- Escalabilidade (estende o tamanho; múltiplos FS na rede ( NFS ))
- Suporte para criptografia nativa
- Drivers (qual OS / harware pode montar (ler / gravar) o sistema de arquivos?)
- Limitações de design (tamanho do nome do arquivo, tamanho máximo de um arquivo (ex: FAT32 é 2GO))
- Suporte nativo para replicação de dados (ex: ZFS )
Ext4 pros:
- A leitura / gravação funciona em todos os sistemas Linux
- Compatibilidade retroativa com ext2 e ext3 (montá-los como ext4)
- Revisado
- Maduro, com suporte, código-fonte aberto
- Suporte ao SSD trim (em suma, aumentar a vida útil do SSD)
Ext4 contras:
- MacOS e Windows não suportam Ext4 sem software adicional
- Recuperar arquivos excluídos é difícil ( mesmo que exista uma ferramenta )