De acordo com a discussão de desenvolvimento do Docker, esse é o problema número 1 conhecido nos documentos do Docker. Aqui está a referência atual da nota de lançamento.
Permissões de arquivo inesperadas em contêineres Uma idiossincrasia no AUFS impede que as permissões se propaguem previsivelmente entre as camadas superior e inferior. Isso pode causar problemas ao acessar chaves privadas, instâncias de banco de dados, etc. Para obter informações completas e soluções alternativas, consulte o Problema 783 do Github.
A solução alternativa mencionada pode ser encontrada no Github aqui