O histórico é carregado do arquivo durante a inicialização do bash. E o arquivo é salvo automaticamente quando o bash sai. Durante a execução do bash, o histórico é mantido na memória e não sincronizado com o arquivo de histórico nem com várias instâncias do bash.
Você pode usar o comando history builtin para salvar manualmente seu histórico atual no arquivo ou carregá-lo do disco (consulte help history para obter detalhes).
Existe apenas um arquivo .bash_history (porque dois arquivos não podem ter o mesmo nome), mas é possível definir a variável HISTFILE para usar outro arquivo.
Algumas citações úteis de man bash ( HISTORY section):
On startup, the history is initialized from the file named by the variable HISTFILE (default ~/.bash_history).
e
When a shell with history enabled exits, the last $HISTSIZE lines are copied from the history list to $HISTFILE.