Você configura seu servidor web, servidor FTP, etc. - o que quer que você esteja usando para compartilhar o repositório com outras máquinas - para exigir autenticação.
O repositório é apenas um monte de arquivos que seu servidor da web (normalmente) serve; não há nada de especial nisso. Então, você configura a autenticação da maneira normal para qualquer servidor da Web que estiver usando.