Eu recentemente instalei na minha máquina (um antigo imac) Ubuntu Mate 16.04. Quando tento executar um script python do terminal, recebo o erro:
Segmentation fault (core dumped)
O mesmo script funciona perfeitamente em outras máquinas e costumava funcionar bem na minha máquina quando montava o Xubuntu 14.04.
Este é provavelmente um problema com python no Ubuntu Mate 16.04 e em particular com o matplotlib: meu script me dá o erro ao tentar desenhar um gráfico usando o pyplot.
Outros scripts python que não usam o matplotlib funcionam perfeitamente.
De acordo com o meu terminal, o matplotlib é a versão mais recente (1.5.1-1ubuntu1).
Pode estar relacionado ao backend que você está usando.
Aqui você pode encontrar como obter uma lista de back-ends disponíveis.
Para usar um backend, basta chamar matplotlib.use ("chosen-backend") no início do seu script.
Como alternativa, sugiro usar virtualenv e instalar todos os pacotes (incluindo o matplotlib) localmente, usando pip.