A opção que você está procurando é chamada mode-style .
Por exemplo, inserir :set mode-style "fg=red,bg=blue" no prompt de comando tmux e selecionar algo de man tmux produz o seguinte resultado:
Observe que essa opção também afeta a exibição do contador de linhas (aqui [0/11] ) no canto superior direito do painel no modo de cópia.