Eu estava enfrentando exatamente o mesmo problema ao executar o Gnome Shell 3.12 no ArchLinux x86_64 com um Intel HD 4000 e parece que acabei de encontrar uma solução (bem, pelo menos para mim).
Basicamente tudo que eu fiz foi adicionar a opção TearFree ao meu /etc/X11/xorg.conf.d/20-intel.conf . Eu já tinha criado anteriormente para habilitar a aceleração SNA, que eu desativei novamente devido a uma falta de qualquer melhoria de desempenho perceptível.
De qualquer forma, é assim que parece:
Section "Device"
Identifier "Intel Graphics"
Driver "intel"
# Option "AccelMethod" "sna"
Option "TearFree" "true"
EndSection
E Bam! - velejar suavemente a partir daqui.
Eu tropecei nisso mais ou menos completamente por acidente, então eu não tenho certeza se isso é um conserto, ou melhor, um hack sujo, mas como eu disse, isso fez o truque para mim muito bem.
Então, de tudo o que posso dizer, isso parece ser um problema relacionado ao framerate / vsync (com o Mutter sendo executado em 60 fps por padrão)?