Eu resolvi o problema.
Eu tenho sentido fazer esse movimento por alguns meses. nesse tempo eu tenho rsyncing todas as pastas de usuários para o novo servidor.
Esqueci de adicionar o comando --delete ao comando rsync, dessa forma, as mensagens de e-mail antigas estavam se acumulando no servidor de destino (novo) mesmo depois que o usuário as excluía do servidor antigo.
Por isso, quando mudei para o novo servidor, o dovecot indexou automaticamente os e-mails extras e os clientes os atenderam corretamente.