Ele usa sinalizadores GPT? Definir usar :)
O único sinalizador "importante" para o Linux é o boot , e isso não é tratado diretamente pelo Linux: o firmware do seu sistema no momento da inicialização selecionará o sistema de arquivos com este sinalizador e procurará nele um bootloader EFI isso, e então o bootloader usará o sistema de arquivos no qual ele vive para se configurar e fazer tudo o que precisa.
O Linux provavelmente não modificaria os flags do sistema de arquivos sem o seu conhecimento ou consentimento, e eu não consigo pensar em uma maneira que eles confiassem neles, pois eles não são muito úteis para um sistema operacional inicializado. Se você também instalasse um carregador de inicialização baseado em BIOS em um volume GPT, haveria um sinalizador para isso e o Linux poderia usá-lo para determinar onde deveria, digamos, atualizar o bootloader do BIOS.
Normalmente, você está sozinho quando se trata do layout do sistema de arquivos e o Linux não toma decisões por você. Se você quiser que o seu volume EFI seja montado, você precisa empurrar uma linha para /etc/fstab . Se você tiver uma partição /boot separada, será necessário incluir isso em /etc/fstab também. A única coisa em que consigo pensar que poderia olhar para flags seria o código de instalação / código do bootloader, então possivelmente GRUB ou rEFInd. (rEFInd provavelmente usa apenas variáveis EFI, porém, que são outra coisa)
Para responder à sua pergunta sobre o Windows, ele mantém uma partição "secreta" e usa esses sinalizadores para ocultar a partição do sistema operacional. Ainda está lá e você pode acessá-lo se quiser, mas é difícil. O Linux não se importaria se você o chamasse de secreto ou não, e se você conectasse um disco rígido com uma dessas partições instaladas, ele apareceria e seria exibido e poderia ser montado automaticamente se sua máquina estivesse configurada para isso.