3 opções, como eu vejo.
1 - Desativar plug-ins do navegador
Eu diria que a principal ameaça do Java é permitir que ele seja invocado a partir do navegador. Portanto, livre-se dos plug-ins Java para os quais o navegador que você usa seria a melhor opção.
2 - Isolar Java - não no $ PATH
Indo mais longe se você souber que vários aplicativos precisam do Java e, em seguida, colocá-lo em um local não padrão, provavelmente seria a próxima melhor coisa a fazer. Nunca adicioná-lo ao seu PATH seria parte dessa solução.
3 - Isole o Java para aplicativos específicos que o exigem
Por fim, você pode optar por instalar o Java somente ao lado dos aplicativos que o exigem, relegando-o a um uso focalizado muito restrito, para aplicativos específicos e nada mais. Isso aumentará seu uso de HDD, mas somente esses poucos aplicativos poderão usar sua versão dedicada de Java e nada mais.