Uma ideia rápida envolvendo o evince e seu script bash:
dir=$(dirname $source)
rm -f ~/evince_save
ln -s $dir ~/evince_save
E quando você "Salvar como" no evince, salve em ~/evince_save . Conforme você observa, o evince usará o mesmo diretório todas as vezes, mas o script de automação terá substituído seu link a cada vez; você não precisa navegar e o arquivo acaba no lugar certo.
O rm remove o link simbólico e não o diretório; -f significa nenhum erro se ~/evince_save ainda não existir.