O que faz ls usar cores é o alias definido pelo padrão bash config, algo assim:
alias ls="ls --color=auto"
Geralmente, isso ocorre em /etc/bash.bashrc ou ~/.bashrc . É possível que um desses arquivos tenha sido corrompido quando o sistema caiu. Faça isso na sua VM:
sudo touch /forcefsck
E reinicie-o. Então verifique esses arquivos.