Para responder à sua pergunta específica, root deve possuir o diretório inicial do usuário para que o chroot fornecido pelo SSHD funcione corretamente. Se o diretório inicial não for de propriedade de root , o usuário poderá sair do diretório quando se conectar por meio de sftp .
Não há desvantagem para root possuir o diretório de usuários se o usuário estiver se conectando apenas com sftp . No entanto, se o usuário também estiver conectando outra maneira (como ssh ) e receber um shell, use outra solução , como o shell restrito rssh .