Você pode executá-lo a partir do php, mas o ionice precisa ser executado como root, portanto, use o sudo para executar o ionice ou executar esse (s) script (s) php sob um processo do servidor que foi executado com ionice.
Se você usar o fastcgi, você poderá ter dois mecanismos diferentes em execução e fornecer os recursos altos para a prioridade mais baixa.
Se você usar o Apache sem o fastcgi, você terá que usar o sudo para executar o comando, certifique-se de tornar a permissão sudo o mais específica possível, caso contrário, você estará arriscando uma violação de segurança.