Pode ser um problema de hardware: a placa não está totalmente encaixada, você não conectou um cabo (alimentação, etc.), a placa está com defeito, a fenda está com defeito, há poeira na fenda.
Troquei a segunda GPU em um de nossos servidores (Ubuntu 12.04.1 LTS). Mas agora lspci só dá uma entrada:
$lspci | grep -i nvidia
04:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation G94 [Quadro FX 1800] (rev a1)
Eu já executei sudo update-pciids e reinstalei o driver nvidia dev. Que outras etapas posso fazer?