Os recursos são armazenados no servidor X - isso é para evitar a necessidade de distribuir os arquivos de configuração em vários computadores. .Xresources nunca foi feito para ser lido pelos aplicativos, ele é carregado no servidor X com xrdb (embora a situação seja um pouco mais incerta quando se trata do antigo .Xdefaults , AFAICT). Veja artigo da Wikipédia para explicação.
Dito isto, o seu XTerm remoto tenta obter os seus recursos do seu servidor X local, provavelmente não os encontra e recorre aos padrões (que é o texto a preto sobre fundo branco). Carregue as configurações desejadas com xrdb -merge no seu Xserver ou use as opções do XTerm para obter o efeito desejado: xterm -bg black -fg grey
Como observação: se você estiver executando xterm remotamente, é provável que um multiplexador de terminal (por exemplo, tmux ou screen ) em execução na máquina remota possa oferecer um melhor serviço.