Eu vejo algumas maneiras de abordar isso
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Analise o sistema de arquivos em busca do arquivo com a mais nova modificação ou tempo de acesso. Use esse tempo para acertar o relógio. É lento, e a precisão provavelmente ficará muito distante, mas funcionará. Se você tem um diretório / arquivo que você sabe que é modificado com bastante frequência, você poderia usá-lo apenas como fonte.
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Siga a ideia que você mencionou; 'toque em um arquivo a cada poucos segundos'. Muitos cartões SD possuem nivelamento de desgaste. Então você não está escrevendo exatamente no mesmo local o tempo todo e, portanto, não é um problema.
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Use NVRAM. Escreva a data atual na NVRAM quantas vezes quiser e depois a restaure durante a inicialização. A NVRAM é pequena, mas você pode armazenar alguns bytes sem problemas.
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Use o GPS para sincronização de horário. Isso é o que faço em dispositivos que precisam de tempo, mas não têm acesso a uma rede. Os dispositivos GPS USB são baratos e fornecem fontes de tempo muito precisas.