A única maneira que eu sei é executar o aplicativo GUI com privilégios root (sudo). Portanto, se você fizer algo como sudo dolphin
ou qualquer outro gerenciador de arquivos de sua preferência, quando clicar em um tipo de arquivo 'desconhecido' e uma instalação for proposta, você já terá os privilégios de root herdados da janela do gerenciador de arquivos. No entanto, a execução de gerenciadores de arquivos da GUI com privilégios de root não é recomendada por motivos de segurança.
Ou, você pode executar o instalador da GUI diretamente com o sudo, como sudo your_gui_package_manager_application
(ou seja, sudo sulfur
se você estiver no Sabayon).
Não tenho certeza, mas acho que você pode fazer / executar sudo diretamente do seu lançador favorito (Gnome-do, krunner, tudo-iniciante, etc.).