Em geral, você, como usuário normal do sistema, não trabalha diretamente com libtool . O Libtool é um utilitário de conveniência para desenvolvedores de software. Você pode ver seus efeitos, mas se você tiver que "trabalhar com libtool " para obter algum software para construir, isso significa que algo está quebrado. E então, você não trabalha muito com libtool para consertá-lo como tentativa de consertar o sistema de compilação do pacote. Isso pode incluir a substituição da cópia de libtool que você recebeu com esse pacote.
Essa é a principal coisa que você precisa entender sobre o Libtool: ao instalá-lo no seu sistema, como você fez, você não recebe um programa libtool para ser executado. O comando principal que você recebe é libtoolize , e sua finalidade principal é gerar o script libtool enviado com um tarball de origem.
Então, este software que você está tentando construir não está usando o comando libtool no sistema, ele está usando o que veio com o tarball de origem. Tudo o que você, como usuário normal, pode esperar é substituí-lo, executando novamente libtoolize , mas eu não recomendaria isso como uma etapa geral de solução de problemas. Tem uma chance bastante decente de quebrar as coisas ao invés de consertá-las.